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馬祖位於臺灣西北方的臺灣海峽上,行政隸屬連江縣,下轄南竿鄉、北竿鄉、東引鄉、莒光四鄉,還有許多無人島嶼,形成東西窄、南北狹長的地形,總面積約為29.52平方公里。馬祖地質公園共分成10個景點區域,除了燕鷗保護區分散在不同的鄉鎮,其餘景點均為具有特殊地質。