馬祖的岩石為1億6千萬年至9千5百萬年(晚侏儸紀至晚白堊紀)的火成岩類,花岡岩分布於北竿、大坵、小坵、南竿、亮島及東莒等六個島,是由兩次不同岩漿事件所形成,岩石地層分別屬於白沙花岡岩及橋仔花岡岩。白沙花岡岩為晚侏儸紀至早白堊紀的產物,是本區出露最老的岩層,普遍分布於南竿全島,北竿坂里村、白沙村、后沃村、北竿機場,以及大坵與小坵,另於東莒島環山步道、大埔村也有分布。晚白堊紀時板塊邊界的拉張(相對於擠壓)環境下,屬於後造山期雙模式岩漿組合形成橋仔花岡岩與塘岐輝綠岩,前者為灰白色花岡岩體,暗色礦物極少,顆粒細且具晶洞構造;後者為深綠色岩體,岩石表面可見輝石與角閃石斑晶。此二套岩體分布位置相近,但未見有清晰的接觸關係。橋仔花岡岩出露於北竿島中部午沙坑道、坂里水庫、芹壁村至塘岐村、橋仔村一帶;塘岐輝綠岩出露於塘岐村中正公園沿著環島東路至橋仔水庫旁。
南竿的花岡岩,是馬祖地區古老的岩石,生成在1億6千萬年前。雖然在中國大陸有相當多這種岩石,但就台灣而言,是相當少見的岩石種類。同時由於離中國大陸有一段距離,對於中國西南沿海的地質構造演育,有其代表的意義,是中國大陸沿海一帶花岡岩向東延伸的地區。
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馬祖除了花岡岩外,東引閃長岩、西莒凝灰岩、東莒火山角礫岩,多樣的火成岩種類,在台灣也是相當少見的岩石種類,是馬祖的地質特色之一。東引的岩石以閃長岩為主,生成年代約1億1千萬年前,是馬祖比較晚期形成的岩石,具有地質年代的代表性,是中國大陸沿海火成岩向東延伸的一部分,也是馬祖地區內唯一以閃長岩為主體的島嶼。火山角礫岩則是大約在1億多年前(白堊紀)火山活動的產物。其中所含角礫來自白沙花岡岩與西莒凝灰岩,這些岩石可對比到中國大陸沿海的火山活動,屬於浙閩火山岩帶的下火山岩系,也代表著當時火山活動遺留的產物。
馬祖岩層與中國大陸相連,直到約一萬年前,冰河期結束,造成海水面上升了近120公尺,馬祖列島與大陸才再度被海面分隔。馬祖列島歷經千萬年的海浪侵蝕以及風化作用,呈現多樣化的地形景觀,包括壯闊的險崖峭壁以及海蝕溝,層次分明的節理,彰顯浪濤錘鍊的海蝕拱門、顯礁、海蝕洞等,在馬祖地區到處可見。
馬祖群島岩石的種類
馬祖的地形受地質條件主導,各島嶼主要以高聳直立的花岡岩體構成、地勢起伏大,曲折聳立的海崖,加上海岬、海灣遍佈,成為獨特的自然景觀。
馬祖的地質在東引主要以閃長岩為主,南北竿主要以花岡岩為主,但在北竿可發現有不同時期形成的花岡岩;西莒島主要還是以凝灰岩為主。而在東莒的北段(福正聚落一帶),岩石以火山角礫岩為主,在東莒南段(大埔聚落一帶),則與南竿的花岡岩相同。
岩石因包含礦物的種類不同,有不一樣的名稱。花岡岩是馬祖地區最老的岩石,是由兩次不同岩漿事件所形成,岩石地層分別屬於白沙花岡岩及橋仔花岡岩;東引的閃長岩則是比花岡岩中的角閃石及長石礦物更多,因而稱之;西莒菜埔澳一帶的流紋岩,則是岩漿噴出地表快速冷卻,產生與花岡岩結晶構造不同的岩石。
另外,因不同時期岩漿作用形成的岩脈與岩床,在岩石上產生深淺不同顏色條紋,這些岩石之美,都是馬祖的生態旅遊中,值得仔細觀察與探索。