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馬祖在一萬年前冰河時期是與中國大陸相連在一起,後來因為海水面的上升,成為孤立在海上的島嶼;因此許多生態物種都是源自於中國大陸,但也有些是特有種,如馬祖卷柏,有些是台灣相當少見的,如換錦花、馬祖紫珠和馬祖野百合等。
馬祖因環境的限制,使得馬祖的天然林多零星分布,且面積不大,如拓樹、黃檀、朴樹及榔榆林,主要分布在北竿島、南竿島及西莒島;南竿的勝天公園及北竿的碧園,是認識馬祖原生植物的最佳地點。
馬祖地區一年四季花卉各有其特色,隨著季節的更迭,不同的花卉也輪番上陣,如春天的流蘇、金銀花、南丹參、南國薊,夏天的海邊月見草、紅花石蒜、秋夏的長萼瞿麥、華南狗娃花,冬天的油菊等,形成多采多姿的花海。